Il litio tende a determinare leucocitosi; la sua associazione con la clozapina può mascherare la leucopenia da clozapina.

L'impiego concomitante del litio con la clozapina può aumentare il rischio di sindrome maligna da neurolettici.

Sono stati descritti disturbi neurologici, quali mioclonie delle estremità (Lemus, 1989; Blake, 1992) ed altri effetti neurologici reversibili (delirium, disturbi motori, riduzione della soglia convulsivante), dovuti al potenziamento dell'azione serotoninergica (Durbano, Anniverno e Mencacci, 2000).